中药材因其“药性”发挥而存在一定的施肥标准，比如含有毒害作用的肥料不能施用，含有害离子的肥料不能施用，含有腐蚀作用的肥料不能施用。过量施氮肥会导致中药材药性降低或者徒长、烂根。以花和果为药用器官的中药材植物，要注重配施磷钾肥；以根和鳞茎为药用器官的中药材植物，要特别注意钾肥的施用。科学施肥很重要。
合理施肥概念
科学家根据近年来的研究发现，单独多用有机肥也不完全适合于各种药材植物。比如人粪尿用在人参和西洋参上容易抑制须根的发育；在黄芪上全部施农家有机肥的效果还不如施专用复合肥的效果好。
根据近代药物化学的研究表明，药物作用的有效成分大都是一些体内次生代谢产物，为了这些成分的产出和作用效果，在施肥供应上不仅要保证大量元素还需要微量元素的参与。但很少量的微量元素肥料通过土壤施用时，必须先和大量有机肥掺混后才可施得均匀。当微量元素肥料直接喷施时，一定要把握肥液的适当浓度和施用次数，这样才有预期的效果。
同时，土传病虫害也危及着种植根及地下茎类的药用植物，如线虫病害已成为了中药材种植过程中最常见的问题之一。要提高中药材植物的抗病虫害能力，补充土壤当中的有益菌是必不可少的。
但是有益菌的生长繁殖需要一定适宜的环境，若是土壤当中有机质不足，很难发展成优势种群、对病原菌进行抑制。同样的，若是土壤当中有益菌不足，也很难有效利用肥料当中的有机质。
针对以上问题，专家指出，中药材施肥，不仅要考虑提高药材产量，同时应注重提高中药材的药效。为了获得较高的药材量和足够的药效，必须针对药用器官特性在施肥上有所区别；要在农家有机肥的基础上施用生物菌肥和适量的化肥、少量的微量元素肥，四者配合施用才有助于产出和药效的综合提高。
化肥施用
化肥的施用原则为：谨慎施用化学氮肥，重视配施化学磷钾肥，巧施中微量元素肥料。
无机肥的特点是分解快，极易被植物所吸收，为速效性肥料，一般多在植物生长期间作追肥。
种植1-2年生及全草类药用植物，苗期要多追施氮肥，促使茎叶生长；在生长后期配合施用磷、钾肥。
多年生和根及地下茎类药用植物，追肥次数要少，一般第一次追肥宜在春季开始生长后，第二次在开花前，第三次在开花后；木本花、果、种子类药用植物，化肥应在秋季树木进入休眠期前与有机肥一起施入，效果较好。
有机肥施用
种植根及地下茎类药用植物，应多施用有机肥。
农家有机肥包括为畜粪尿、饼肥、厩肥、堆肥、火土灰以及绿肥等，其特点是肥效慢而持久，养分完全，能显着增加土壤中的有机质，能改善土壤结构。
一般都作基肥使用，以供应植物整个生育期的需要。其中厩肥和堆肥多在晚秋或早春整地前翻耕入土；饼肥则在播种或定植前进行沟施或穴施。
将农家肥与化学肥料混合在一起使用，能起到不少好作用。可以减少养分固定，提高肥效；可以保蓄，减少流失，改善药材对养分的吸收条件；可以调节土壤酸碱性，改良土壤结构。另外一些中药材专用的有机肥也可以考虑，如“月笙”碳菌肽素中药材有机肥，在营养成分各方面配比也更加科学。
生物肥施用
生物菌肥比起化肥和不腐熟有机肥的好处是，不易烧苗烧根，十分安全，所以在施入土地后，能够长久稳定的发挥肥效，防止植物受到病虫害的为害。
因为有益菌的生长需要一定适宜的环境，所以在施用生物菌肥时，可以和有机肥一起搭配施用；或者在有机肥中添加生物菌剂，混合均匀施用。
微生物菌肥（菌剂）可以有以下好处：
1、趋避地下病虫害，如蛴螬、金针虫；
2、有效抑制地下害虫繁殖、抗重茬；
3、促进有益菌群繁殖、提高化肥氮磷钾利用率，改良土壤结构；
4、提高质量、增加产量、改善品质、抗旱、抗涝。
微量元素肥施用
微量元素是中药材有效药成分和核心组分，是中药材药性效量化的标准。
如毛地黄类中药材特别富集锰、钼、铬；施加锰和钼，可提高心脏醣甙（可用于局部缺血性心脏病人的治疗研究）的生物活性。
荞麦属类草药富集铜和铬；施用铜，可增高心脏醣甙的含量和促进类黄酮（可用于冠心病的治疗研究）的生物合成。
此外，刺五加（药理作用和人参相似）中的锰、钼、铜、钴含量与酸性甙活性有关；干草、人参中的锰、钼、钒、锶与三萜皂甙（用于风湿、关节炎的治疗研究）有关；掌叶大黄中的钼、铜与蒽醌（用于止血、抗菌、排毒的药理研究）有关等。
所以，在中药材种植过程中，微量元素肥是必不可少的，在施基肥、追肥时，都可以与其它肥料搭配施用。但是要注意的是，微量元素肥不能过多。