原药材的品种、产地、采集、加工炮制、贮藏保管等因素均可对中成药药效产生影响。由于原药材的质量直接影响到中成药的作用，《药品注册管理办法》中要求，新的中药注册申请需明确药材基原、产地；对改剂型和仿制药的注册申请强调要与原剂型、被仿制品的药材基原一致，从“源头控制”成品质量，保证中成药的药效。
一、品种
中药材来源于植物、动物、矿物等，资源分布广泛。中药品种繁多，品种繁多已成为影响中成药药效的一个重要因素。由于历史原因，很多药材存在一药多源、同名异物、同物异名等现象。如《中国药典》中规定白附子是天南星科植物独角莲的干燥块茎，商品名“禹白附”，黑龙江、吉林、上海、广东等地使用毛茛科植物黄花乌头的块根，药材称“关白附”，毒性比禹白附大。又如青蒿，《中国药典》中规定是菊科植物黄花蒿，含青蒿素，有抗疟作用；而还有一种习用品种青蒿，虽然也是菊科植物，但不含青蒿素，无抗疟作用。
由此可见，中药材品种是影响中成药功效的重要因素，使用时应首先保证正品入药，对于不同基原的代用品要谨慎使用，并且必须遵循相关法规法规的规定，不得滥用。
二、产地
我国幅员辽阔，各地区生态环境如土壤、水质、气候、雨量、光照、温度及海拔高度等差别很大。同一品种的中药，不同产地，化学成分含量有别，如远志祛痰止咳的药效成分主要是所含的皂苷，吉林产含量最高，其次为山西运城产，而陕西产含量最低，不及吉林的一半。由于生境的差异，质量各有差异，疗效亦有不同，故历史上形成了“道地药材”的概念。所谓“道地药材”系指在特定环境和气候等因素的综合作用下，所形成的品种优良、产量高、炮制考究、疗效突出、带有地域性特点、生产相对集中而产量较大的药材。道地药材对保证中成药的功效有着非常重要的价值。四川的川黄连、川贝母、川附子；广东的陈皮、藿香；东北的人参，辽细辛、辽五味子；河南的怀地黄、怀菊花、怀牛膝、怀山药；浙江的杭菊花、浙贝母、郁金、白术等都是享有盛名的道地药材。以上述道地药材生产的中成药的质量高，疗效也会相应增强；反之，以非道地药材生产的中成药的质量和疗效都会受到不同程度的影响，故根据传统经验和现代研究成果，扩大道地药材的生产，尽量使用道地药材生产中成药，是保证中成药疗效的重要条件之一。
三、采集
药材的采集年限和季节也是影响中成药功效的重要因素。“三月茵陈四月蒿”，是说中药的药效和采集时间有着密切的关系。在不同的生长发育阶段，植物根、茎、果实、皮壳等各部分所含化学成分及功效成分的含量均不一样，如槐米和槐花来源于同一植物，槐米为花蕾，其中芦丁含量为23.50%，槐花为已开放的花朵，芦丁含量仅为13.00%；甘草的主要有效成分是甘草酸，一年采摘者含量为5.49%，两年采摘者含量为6.76%，三年采摘者为9.84%，四年采摘者为10.52%，有效成分差异较大；种植年限超过5年的人参对心脏的影响更为明显，5年以下的种植人参为新资源食品，若作药用则效力不足。合理的采收在保证中药质量的同时，还需兼顾产量和生产成本，考虑生态环境的保护以及中药资源的可持续利用。
四、药用部位
原药材的药用部位与其功效密切相关。某些药材不同药用部位分别具有不同的功效，如来源于同一植物，部位不同，其功效有别。这在中药中很常见，如麻黄、麻黄根，桂枝、肉桂，苏叶、苏子等。现在已经认识到药用植物的药用部位不同，其化学成分可能有较大差异，如黄连中主要功效成分小檗碱在根茎中含量为6.63%，在根须中含量为4.89%，在叶中含量为2.93%，而在茎中不含有。因此，必须按规定品种的药用部位入药，以保证中成药的内在质量；如果入药部位混乱，以三七叶代替三七，以连翘叶代替连翘，势必影响中成药的质量，降低中成药的疗效。
五、加工炮制
中药材需要加工炮制成饮片才作为中成药生产的原料，通过加工炮制可以除去中药材杂质和非药用部位，并能提高疗效，或改变药性，或减轻毒性或副作用，加工炮制对中成药的药效和安全均有较大的影响，正如前人所说“不及则功效难求，太过则性味反失”，强调炮制贵在“适中”。炮制是否得当，直接关系到药效，而少数毒性和烈性药物的合理炮制，更是确保用药安全的重要措施。
净制，是中药材加工炮制的第一道工序，其目的是选取药材的药用部分，除去杂质和非药用部分，使药材达到一定的洁净标准。如杜仲刮去栓皮，山茱萸去果核等，通过去皮、去核的洁净处理，就能保证杜仲、山茱萸处方中药物剂量的准确和有效成分含量，有利于保证中成药的疗效。
加工切制前往往需要泡、润等软化操作，适宜的操作有利于保留药材的有效成分，有利于中成药药效的发挥。有研究表明，大黄浸泡软化，有效成分损耗可达13%～15%，故中药软化操作宜“少泡多润”“药透水尽”。
饮片干燥是加工炮制的重要环节，对中药有效成分含量影响较大。如西红花，阴干干燥的方法其有效成分西红花总苷含量为7.83%，而用42℃干燥能使其总苷含量达到28.82%；槟榔饮片曝晒比阴干多损失醚溶性生物碱23.4%，且外观颜色变深，驱虫效力也随之降低；含挥发油类药材，如高温干燥，会导致挥发性成分损失；部分含苷类药材，若不及时干燥杀酶，则因水解、酶解而破坏，导致药材有效成分含量降低，影响中成药的疗效。
在中成药处方有明确规定饮片炮制规格的，如蜜炙黄芪、酒炒川芎、醋制香附、巴豆霜等，则需遵循传统炮制经验，结合现代研究成果，“依法炮制”，以保证中成药疗效。
六、贮藏保管
贮藏保管条件对中药质量的优劣有着直接的影响，进而影响中成药的疗效。贮藏保管不当，药材及中药饮片受外界因素和自身因素的影响，质量不断发生变化，质变后的中药，质量低劣，有效成分损失，可致疗效降低，失去药用价值，甚至产生不良反应，危害人体健康。中药质变的主要表现有虫蛀、霉腐、泛油和泛糖、色泽变化、气味变化、质地变化、形态变化、融化与潮解、风化等。导致中药变质的原因很多，空气、日光、温度、湿度、生物污染、人为污染和时间因素等。生物污染是微生物、害虫、老鼠等分泌异物，排泄粪便，残体腐败等对中药造成的污染，都会带入病毒、毒素等污染物。人为污染，一般是使用化学药剂养护中药，使药材颜色发生变化，或有残毒存留。中药变质后，不仅外观差，质量降低，影响疗效，甚至还会危害人体。如霉变的中药，有的霉菌毒素量大、毒性强，如黄曲霉菌，食用可引起消化、循环等多系统病变，严重可致癌症；走油的药材服用后，易出现头痛、呕吐、发烧、腹痛等症状。
绝大多数药材、饮片随贮存时间延长，所含有效成分往往因氧化、分解等原因而含量降低，影响其质量。如益母草中所含的有效成分主要为生物碱，贮存一年后，其总生物碱含量明显下降，可由1%以下降至0.4%以下。故药物一般不宜贮存太久，用药宜“新”。但是，根据前人经验，有一部分药物“用药宜陈”，即贮存时间不宜过短，如陈皮、半夏等。